Là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Y tế, có 2 chức năng và nhiệm vụ chính đó là chức năng khám và điều trị bệnh nhân Lao và Bệnh phổi; Quản lí và chỉ đạo tuyến công tác phòng chống lao trên toàn tỉnh.
Với mục tiêu cao nhất là mang đến dịch vụ y tế chất lượng cao, toàn diện, thân thiện, cởi mở cho mọi người dân. Bệnh viện đã đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính, rà soát, cắt giảm, xóa bỏ các thủ tục hành chính rườm rà nhằm phục vụ người dân và tổ chức đảm bảo đơn giản, thuận tiện theo hướng công khai, minh bạch bằng nhiều hình thức (niêm yết tại khu vực thanh toán viện phí, khu vực khám chờ khám bệnh của đơn vị). Tăng cường việc ứng dụng công nghệ thông tin, áp dụng hệ thống phần mềm trong công tác khám chữa bệnh, thanh toán BHYT (tỷ lệ sử dụng BHYT của Tỉnh là 98%).
Cùng với đó, Bệnh viện cố gắng xây dựng đội ngũ y, bác sĩ có đủ phẩm chất đạo đức, năng lực và trình độ chuyên môn, chính trị đáp ứng yêu cầu phục vụ công việc được giao. Hiện nay, Bệnh viện đang gửi đi đào tạo 04 bác sĩ chuyên khoa I, 15 người học liên thông đại học điều dưỡng, 11 cao đẳng điều dưỡng, 03 cao đẳng Dược, 01 Đại học Dược, 02 cao đẳng X quang, 03 trung cấp chính trị. Bệnh viện còn chú trọng đẩy mạnh công tác nghiên cứu khoa học, đào tạo cán bộ chuyên sâu, cập nhật các kiến thức mới theo nhu cầu phát triển chuyên môn, đa dạng hóa các hình thức đào tạo chuyển giao kỹ thuật.
Nhờ vậy, Bệnh viện triển khai được những kỹ thuật mới của Bệnh viện hạng I, như: Kỹ thuật nội soi màng phổi gây dính, phá vách ngăn và sinh thiết màng phổi. Bệnh viện Lao & Bệnh phổi tỉnh Hà Giang là một trong số ít những cơ sở áp dụng kỹ thuật Soi màng phổi ống cứng trong điều trị. Soi màng phổi là kỹ thuật có hiệu quả chẩn đoán và điều trị cao nhưng cũng là một kỹ thuật khó và phức tạp. Kỹ thuật đòi hỏi phải có những dụng cụ chuyên dụng, phải có kíp thực hiện gồm nhiều người và người soi có trình độ chuyên môn cao. Trên thế giới kỹ thuật này đã được thực hiện từ lâu, nhưng ở nước ta mới chỉ có một số cơ sở y tế lớn thực hiện kỹ thuật này.

Bên cạnh việc duy trì tốt hoạt động khám, chữa bệnh, bệnh viện cũng thường xuyên triển khai các hoạt động phòng chống lao trên địa bàn Tỉnh. 6 tháng đầu năm 2019, bệnh viện đã tổ chức kiểm tra , giám sát công tác chống lao tại 11 huyện, thành phố. Bệnh viện phối hợp với Trung tâm y tế huyện tổ chức khám sàng lọc cho 2 huyện Vị Xuyên, Quản Bạ; phối hợp với Trung tâm kiểm soát bệnh tật tố chức truyền thông ngày Thế giới phòng chống lao 24/3 với hình thức mít tinh tại Bệnh viện Lao & Bệnh phổi, tổ chức diễu hành tuyên truyền tại các tuyến đường và treo băng rôn tại các ngã ba, ngã tư của thành phố; tổ chức được 3 lớp về quản lí chương trình lao cho cán bộ y tế huyện ( 01 lớp Vitimes, 01 lớp Lao/HIV, 01 lớp chẩn đoán điều trị cho bác sĩ đa khoa huyện); đồng thời đẩy mạnh triển khai thực hiện kế hoạch cơ sở y tế “Xanh – Sạch – Đẹp”.