Nghị quyết đã quyết nghị điều chỉnh cơ cấu nguồn vốn và việc sử dụng nguồn dự phòng chung. Điều chỉnh tăng tổng mức vốn nước ngoài kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 từ 300.000 tỷ đồng lên tối đa 360.000 tỷ đồng, đồng thời điều chỉnh giảm tương ứng vốn vay trong nước để đáp ứng yêu cầu giải ngân đối với những dự án sử dụng vốn nước ngoài.
Điều chỉnh giảm nguồn vốn cho các dự án quan trọng quốc gia 10.000 tỷ đồng (từ 80.000 tỷ đồng xuống 70.000 tỷ đồng). Cho phép sử dụng nguồn dự phòng chung của Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 trên cơ sở bảo đảm khả năng cân đối vốn đầu tư của ngân sách Nhà nước hằng năm và giữ mức trần đầu tư công 2 triệu tỷ đồng, giữ tỷ lệ bội chi, chỉ tiêu an toàn nợ công đã được Quốc hội quyết định.
Đối với vốn cân đối ngân sách địa phương, Quốc hội cho phép các địa phương được giao kế hoạch đầu tư công hằng năm nguồn vốn trong cân đối ngân sách địa phương trên cơ sở khả năng thu thực tế, bảo đảm không tăng mức bội chi của ngân sách địa phương hằng năm, triển khai tổng kết vào cuối kỳ Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020. Giao HĐND các cấp quyết định phân bổ dự phòng Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 nguồn ngân sách địa phương của cấp mình bảo đảm các nguyên tắc, thứ tự ưu tiên phân bổ vốn quy định tại Luật Đầu tư công và Nghị quyết số 26 của Quốc hội về Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020.
Nghị quyết cũng quyết nghị bổ sung danh mục dự án và điều chỉnh kế hoạch đầu tư công trung hạn vốn ngân sách Trung ương giai đoạn 2016-2020. Theo đó, sử dụng 10.000 tỷ đồng từ việc điều chỉnh giảm nguồn vốn cho các dự án quan trọng quốc gia để ưu tiên bố trí cho các dự án phòng, chống, khắc phục hậu quả thiên tai, gia cố hệ thống đê xung yếu, xử lý sạt lở bờ sông, bờ biển, di dời dân cư khẩn cấp khỏi khu vực nguy cơ xảy ra lũ ống, lũ quét, sạt lở đất. Số còn lại sử dụng để thanh toán nợ giải phóng mặt bằng một số dự án thuộc nghĩa vụ của ngân sách Trung ương và hỗ trợ giải phóng mặt bằng một số dự án cấp bách cần triển khai ngay.