Những cuộc kiểm toán môi trường do Kiểm toán Nhà nước Việt Nam thực hiện trong suốt thời gian qua đã đạt được nhiều kết quả quan trọng góp phần sửa đổi cơ chế chính sách nhằm quản lý môi trường tốt hơn, nâng cao nhận thức của tổ chức, cá nhân trong việc chấp hành các quy định về bảo vệ môi trường
Tuy nhiên, quá trình thực hiện kiểm toán môi trường ở Việt Nam gặp rất nhiều khó khăn, trước hết là bởi nhận thức và ý thức chấp hành các quy định về bảo vệ môi trường của các tổ chức, cá nhân cũng như trách nhiệm xã hội của doanh nghiệp đối với cộng đồng chưa cao. Hệ thống pháp luật, quy chuẩn về bảo vệ môi trường còn bất cập, thiếu tính khả thi, gây nhiều khó khăn cho các tổ chức và cá nhân trong quá trình tuân thủ, thực thi pháp luật.
Ông Nguyễn Quang Thành - Phó Tổng Kiểm toán Nhà nước Việt Nam chia sẻ, "Kiểm toán môi trường là một lĩnh vực mới, thiếu nhân lực có kiến thức, kinh nghiệm, việc chưa có công cụ hướng dẫn kiểm toán cụ thể cũng là một trong những khó khăn mà các kiểm toán viên gặp phải khi thực hiện các cuộc kiểm toán môi trường".
Theo ông Thành, hệ thống cơ sở dư liệu, tài liệu hướng dẫn về kiểm toán môi trường của Kiểm toán Nhà nước vẫn đang trong quá trình xây dựng dựa trên hướng dẫn của INTOSAI, ASOSAI về kiểm toán môi trường, trong đó có nhiều nội dung không phù hợp với thông lệ và hệ thống các văn bản quy phạm, pháp luật của Việt Nam, gây khó khăn trong việc tiếp cận, triển khai và thực hiện các cuộc kiểm toán.