Trên cơ sở kết quả các chương trình quan trắc môi trường các lưu vực sông (LVS) trong giai đoạn 2014 - 2018 thông qua chỉ số chất lượng nước (WQI1) và giá trị các thông số đặc trưng cho chất lượng môi trường nước mặt cho thấy, môi trường nước mặt tại các LVS chính của nước ta đã và đang dần được kiểm soát mức độ gia tăng ô nhiễm. Lưu vực sông Bằng Giang - Kỳ Cùng có chất lượng nước khá tốt, nhiều đoạn sông nước sử dụng tốt cho mục đích cấp nước sinh hoạt.

Khác với những dòng sông khác ở phía Bắc, sông Kỳ Cùng chảy theo hướng Tây Bắc - Đông Nam theo độ dốc của địa hình.

Lưu vực sông Bằng Giang - Kỳ Cùng gồm có 2 sông lớn là sông Bằng Giang và sông Kỳ Cùng với diện tích lưu vực là 10.847 km2, thuộc vùng Trung du và miền núi phía Bắc.

Sông Bằng Giang, hay còn gọi là sông Bằng bắt nguồn từ tỉnh Quảng Tây - Trung Quốc chảy theo hướng Tây Bắc - Đông Nam vào Cao Bằng tại cửa khẩu Sóc Giang, xã Sóc Hà, huyện Hà Quảng, chảy qua địa phận tỉnh Cao Bằng rồi đổ vào tỉnh Quảng Tây - Trung Quốc. Tại Trung Quốc, nó hợp lưu với sông Kỳ Cùng để tạo thành sông Tả Giang. Sông Bằng có tổng chiều dài khoảng 108 km, trên đất Việt Nam sông Bằng có chiều dài khoảng 90 km, diện tích lưu vực 4.000 km2. Sông Bằng Giang có 24 chi lưu, trong đó có 3 chi lưu lớn là sông Sê Bao, sông Hiếu, sông Bắc Vọng.

Chất lượng nước sông Bằng Giang và các phụ lưu tại khu vực thượng nguồn còn khá tốt, nồng độ các chất ô nhiễm tăng dần về hạ lưu, nơi đông dân cư và các cơ sở công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp. Đặc biệt tại những đoạn sông có khai thác vàng sa khoáng, cát, cuội, sỏi và những đoạn sông tiếp nhận nguồn nước thải từ hoạt động khai thác khoáng sản thì độ đục, tổng chất rắn lơ lửng (TSS) tại đây cao hơn trên thượng nguồn rất nhiều lần và đã ở mức vượt QCVN 08-MT:2015/BTNMT (B1). Ô nhiễm do chất hữu cơ chưa phải là vấn đề đáng lưu ý trên sông Bằng Giang, chỉ có một số ít khu vực có giá trị COD và BOD5 chạm hoặc vượt ngưỡng QCVN 08-MT: 2015/BTNMT (A2 - nước sử dụng cho mục đích cấp nước sinh hoạt, cần biện pháp xử lý).

Sông Kỳ Cùng là con sông chính ở tỉnh Lạng Sơn, bắt nguồn từ vùng núi Bắc Xa thuộc huyện Đình Lập, tỉnh Lạng Sơn, chảy sang Trung Quốc và là một chi lưu của sông Tây Giang (Trung Quốc). Sông Kỳ Cùng chảy trên đất Việt Nam dài khoảng 243 km, diện tích lưu vực: 6.660 km2. Đây là con sông duy nhất ở miền Bắc Việt Nam chảy theo hướng Đông Nam - Tây Bắc sang Trung Quốc. Sông Kỳ Cùng có 3 chi lưu chính là sông Bắc Giang, sông Bắc Khê, sông Ba Thín.

Chất lượng nước sông Kỳ Cùng không có sự biến động lớn qua các năm. Hầu hết các thông số quan trắc đều nằm trong ngưỡng giới hạn cho phép của QCVN 08-MT:2015/BTNMT (B1). Tuy nhiên, vào mùa mưa lũ, hàm lượng chất rắn lơ lửng trong nước khá cao có thể lên tới trên 300 mg/L vượt 6-7 lần QCVN. Tại một số thời điểm, nước sông có dấu hiệu ô nhiễm cục bộ chất hữu cơ do chịu sự tác động trực tiếp của các nguồn nước thải chưa qua xử lý xả thải trực tiếp vào sông. Tại một số suối nhỏ, chất lượng nước cũng duy trì khá tốt, duy có khu vực suối Lao Ly, chảy qua nội thị thành phố Lạng Sơn, bị ô nhiễm hữu cơ khá nặng từ nhiều năm trước do tình trạng xả thải của các hộ dân. Mặc dù, năm 2017 - 2018 mức độ ô nhiễm đã giảm hơn nhưng vẫn vượt giới hạn cho phép của QCVN 08-MT:2015/BTNMT (B1).