Theo Sở Tài nguyên & Môi trường Hà Nội, hiện nay, nước sông Nhuệ bị ô nhiễm đã ảnh hưởng không nhỏ tới sức khỏe của cộng đồng trong lưu vực. Nguyên nhân chính là do hạ tầng của các tỉnh/thành thuộc lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy (trong đó có Hà Nội) chưa được đồng bộ nên việc việc xử lý nước thải chưa được triệt để, vẫn còn tình trạng nguồn thải của các tỉnh/thành thuộc lưu vực chưa được qua xử lý đổ vào lưu vực sông.

Việc giải quyết tình trạng ô nhiễm lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy nói chung và sông Tô Lịch nói riêng cần được đầu tư lớn, giải quyết từng bước và đồng bộ. Ảnh minh họa

Đồng thời, tăng cường tổ chức, vận động nhân dân tham gia tổng vệ sinh dọc tuyến đường bờ sông Tô Lịch và Kim Ngưu; tổ chức thu gom phế thải, nạo vét lòng sông; xử lý các trường hợp vi phạm hệ thống thoát nước đô thị, hành vi đổ trộm phế thải từ công trình xây dựng; đã hoàn thành việc kè bờ và đường dạo 2 bên sông Tô Lịch, triển khai thả 38 cụm bè thủy sinh trên sông Tô Lịch từ đoạn Hoàng Quốc Việt đến Nguyễn Trãi nhằm tạo cảnh quan và góp phần cải thiện chất lượng nước sông Tô Lịch.
TP Hà Nội cũng chỉ đạo xử lý ô nhiễm môi trường nước các hồ trên địa bàn Thành phố; lắp đặt máy sục khí, bè thủy sinh, nạo vét đáy hồ để tăng cường khả năng duy trì chất lượng hồ sau xử lý, tạo cảnh quan trên hồ (bao gồm hồ nội thành và ngoại thành) giao Công ty TNHH một thành viên thoát nước Hà Nội thực hiện. Vận hành thường xuyên đối với 8 Nhà máy xử lý nước thải hiện có trên địa bàn Thành phố bao gồm: Yên Sở, Bắc Thăng Long - Vân Trì, Hồ Tây, Bảy Mẫu, Kim Liên, Trúc Bạch, Cầu Ngà và Nhà máy xử lý nước thải tại xã Sơn Đồng, huyện Hoài Đức.
Cùng với đó, để giảm thiểu ô nhiễm môi trường nước tại các sông nội thành, trong đó có sông Tô Lịch, Thành phố Hà Nội đã lập Quy hoạch và triển khai Quy hoạch thoát nước thành phố Hà Nội; ưu tiên nguồn lực tập trung cho xử lý ô nhiễm tại các sông: Tô Lịch, Kim Ngưu, Lừ, Sét…với mục tiêu thoát nước phù hợp với cải thiện môi trường và bảo vệ cảnh quan hai bên bờ sông, đảm bảo dòng chảy vào mùa khô.
Thành phố cũng tập trung đầu tư xây dựng 2 Nhà máy xử lý nước thải quy mô lớn là Yên Xá (công suất 270.000 m3/ngày đêm) và Phú Đô (điều chỉnh nâng công suất từ 84.000 m3/ngày đêm thành 98.000 m3/ngày đêm) nhằm cải thiện môi trường sống, hệ sinh thái tự nhiên và điều kiện vệ sinh tại các khu đô thị trung tâm của sông Tô Lịch, tả ngạn sông Nhuệ và sông Lừ.
Tiếp tục triển khai dự án thu gom và nhà máy xử lý nước thải lưu vực S3, bổ cập nước sau xử lý cho sông Tô Lịch; đẩy nhanh tiến độ đầu tư, xây dựng các dự án xử lý nước thải như: Nhà máy xử lý nước thải Hồ Tây (nâng công suất từ 15.500 m3/ngày đêm lên 101.000 m3/ngày đêm), các nhà máy xử lý nước thải sinh hoạt và làng nghề.
Cùng với việc đầu tư các dự án xử lý nước thải, cải tạo hệ thống công trình thủy lợi, cơ quan chức năng của Thành phố đã đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra nhưng chưa bao quát. Tình hình vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường vẫn xảy ra ở nhiều nơi trong lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, nhiều cơ sở; phương thức vi phạm ngày càng tinh vi, nguy hiểm. Kinh phí cho sự nghiệp bảo vệ môi trường tại các địa phương còn thấp.
Trong khi đó, một số dự án đầu tư bảo vệ môi trường đã được đầu tư vận hành không hiệu quả, lúng túng trong tiếp cận công nghệ, phương pháp ứng dụng. Việc trao đổi thông tin, phối hợp giải quyết các vấn đề nổi cộm về môi trường giữa các địa phương trong lưu vực,giữa địa phương với trung ương chưa đáp ứng yêu cầu, giữa các bộ, ngành liên quan cũng thiếu sự phối hợp...