Sự phát triển kinh tế và đô thị hóa nhanh chóng đã dẫn đến suy thoái và cạn kiệt tài nguyên thiên nhiên, bao gồm cả nước mặt và các dịch vụ hệ sinh thái liên quan. Nhiều con sông trong khu vực Đông Nam Á bị ô nhiễm nặng với chất thải sinh hoạt, công nghiệp và nông nghiệp, chỉ số chất lượng nước (WQI) sụt giảm ở mức không an toàn.

Sông Marilao chảy qua Metro Manila ở Philippines. Ô nhiễm là một trong những nguyên nhân chính gây lo ngại cho chính phủ Philippines cũng như thế giới. Các vật thải nguy hiểm không thể tái chế như chai nhựa, dép cao su và nhiều rác thải khác thường được tìm thấy trôi nổi trên sông. Hơn nữa, các sản phẩm chất thải công nghiệp độc hại cũng được đổ xuống sông mỗi ngày và rác thải sinh hoạt cũng bị đổ xuống với số lượng rất lớn.

Theo một Báo cáo tóm tắt của Viện nghiên cứu nâng cao về chính sách bền vững, mức độ ô nhiễm ở các con sông của Metro Manila trầm trọng đến nỗi chúng có thể được coi là cống thoát nước. Nguyên nhân chính là chất thải dân cư không được xử lý chảy trực tiếp vào các mạch nước. Theo thống kê chính thức, chỉ có 20-30% hộ gia đình của thành phố được kết nối với hệ thống thoát nước. 70% hộ gia đình còn lại có bể tự hoại, trong nhiều trường hợp rò rỉ chất thải của con người vào tầng ngậm nước ngầm.

Một dòng sông khác trong khu vực Đông Nam Á là sông Citarum chảy qua tỉnh Tây Java của Indonesia. Sông Citarum là một nguồn tài nguyên quan trọng hỗ trợ cho nông nghiệp, cấp nước, công nghiệp, thủy sản và sản xuất điện.

Tuy nhiên, hiện tại nó chứa đầy hàng tấn chất thải sinh hoạt, công nghiệp và mức thủy ngân trong sông cao gấp 100 lần so với chỉ số cho phép. Ngoài ra, còn có ba đập nhà máy thủy điện dọc theo sông nhưng với vấn đề ô nhiễm trầm trọng, các nhà máy này sẽ không thể hoạt động khiến người dân xung quanh không có điện sử dụng.

Các con sông khác trong khu vực cũng đang phải đối mặt với ô nhiễm bao gồm sông Irrawady ở Myanmar, Chao Phraya ở Thái Lan và sông Kinabatangan ở Malaysia.

Yasmin Rasyid - nhà sinh vật học và Chủ tịch của Ecoknights, đã tuyên bố trong một cuộc phỏng vấn rằng các yếu tố gây ô nhiễm sông bao gồm ô nhiễm kim loại nặng và cơ chế quản lý thiếu thực thi về vấn đề xả thải từ các ngành công nghiệp, lấn chiếm bờ sông và các hoạt động khai thác cát trái phép, phát triển kém dọc theo các khu vực ven sông, thải chất thải hữu cơ và chất thải vào đường thủy.

Hồ Toba của Inodesia là một hồ núi lửa rộng lớn bao phủ diện tích 1.707 km², đẹp như tranh vẽ đang phải đối mặt với ô nhiễm trầm trọng. Tuy nhiên hồ Toba không phải là hồ duy nhất ở Indonesia phải đối mặt với số phận này. Theo Cơ quan Môi trường, Nghiên cứu và Công nghệ Thông tin Indonesia (BALIHRISTI), 17 hồ khác trong quốc gia quần đảo này đã được phân loại là đang trong tình trạng nguy kịch. Những hồ này đang gặp vô số vấn đề môi trường bao gồm ô nhiễm và bồi lắng khiến chúng bị thu hẹp.

Không chỉ các hồ của Indonesia, mà các hồ ở các nước Đông Nam Á khác cũng đang bị ảnh hưởng bởi ô nhiễm. Các yếu tố như dân số gia tăng, đô thị hóa, nạn phá rừng và ngành đánh bắt cá đã ảnh hưởng nghiêm trọng đến chất lượng nước của các hồ này.

Hồ Tonle Sap ở Campuchia là Di sản Thế giới của UNESCO và là nơi hỗ trợ sinh kế của hơn 1,2 triệu người trong nước. Hồ quan trọng này cũng đang bị đe dọa ô nhiễm.

Laguna de Bay, hồ lớn nhất ở Philippines nằm ở phía đông của Metro Manila đang trải qua tình trạng ô nhiễm lớn do các bãi rác thải sinh hoạt chưa được xử lý. Các chất ô nhiễm được tìm thấy trong nước hồ ở đây có dạng xenoestrogen, một chất hoặc hỗn hợp lạ có thể làm thay đổi chức năng của các cơ quan nội tiết trong cá. Theo thống kê nghề cá ở Philippines, chỉ riêng Metro Manila cung cấp khoảng 125.902 tấn cá mỗi năm. Điều này có nghĩa là đánh bắt cá đóng góp phần lớn cho nền kinh tế và là một nguồn thu nhập cho nhiều người dân địa phương.

Ngoài thu nhập bị đe dọa, ngành du lịch của khu vực cũng sẽ bị ảnh hưởng tiêu cực bởi sự xuống cấp của các hồ vì du lịch là một đóng góp lớn cho nền kinh tế của các quốc gia này. Hơn nữa, vì hầu hết các hồ này cũng là một nguồn nước uống, lượng nước uống bị ô nhiễm và khan hiếm sẽ ảnh hưởng lớn đến sức khỏe và phúc lợi chung của người dân.

Những nỗi sợ hãi khác bao gồm lũ lụt có thể đe dọa các thị trấn và thành phố vì những hồ lớn này đóng vai trò là lưu vực. Điều này có nghĩa là nếu một hồ nước co lại, nước mưa sẽ tràn vào các khu vực xung quanh.

Đối với những người sống và làm việc ở Bắc, Tây và Đông Jakarta, cũng như ở một số khu vực của Trung và Nam Jakarta, đất dưới chân họ thực sự đang chìm xuống. Ở Bắc Jakarta, nơi có bốn triệu người sinh sống và nền kinh tế sầm uất ở Indonesia, sụt lún đất đã vượt qua 2,5 mét trong 10 năm. Một số khu vực đã chìm sâu tới bốn mét. Các phần khác đang giảm xuống với tốc độ 25 cm một năm, gấp đôi mức trung bình toàn cầu của các siêu đô thị ven biển.

Nguyên nhân chính là khai thác quá mức tài nguyên nước ngầm để sử dụng hàng ngày. Trong trường hợp của Jakarta, tài nguyên nước mặt của nó không thể được xử lý để tiêu thụ vì nó quá ô nhiễm. Thiếu xử lý nước thải đúng cách và đầy đủ, cũng như quản lý chất thải có nghĩa là phần lớn chất thải và chất thải rắn của siêu đô thị được đổ vào 13 con sông chảy qua nó. Nhà máy xử lý nước thải duy nhất của Jakarta, nằm trong Hồ chứa Setiabudi ở Trung tâm Jakarta, chỉ có thể xử lý khoảng 2% nước thải. Sông Citarum của Jakarta được coi là một trong những nơi bẩn nhất thế giới.

Theo Hội đồng Tài nguyên Nước Jakarta, các con sông ở Jakarta chỉ cung cấp 2,2% tổng nhu cầu nước sạch của siêu đô thị. Phần còn lại được dẫn từ bên ngoài Jakarta, cụ thể là từ sông Cisadane ở Tangerang và Hồ chứa Jatiluhur. Tuy nhiên, chỉ có 35% nhu cầu nước hàng năm của Jakarta đã lên tới 1,27 tỷ lít được phục vụ bởi công ty cấp nước. Phần còn lại chủ yếu được phục vụ bởi các giếng khoan tư nhân để khai thác tầng chứa nước. Năm 2016, có tới 4.720 giếng ở Jakarta, tăng 5,5% so với năm trước.

Trong điều kiện bình thường, tầng chứa nước sẽ được nạp lại tự nhiên. Tuy nhiên, tốc độ tái tạo nước ngầm ở Jakarta quá chậm khi so với tốc độ khai thác nước ngầm. Điều này có lẽ là do sự mở đường, phát triển của các khu vực đã xây dựng, cũng như nạn phá rừng. Theo viện nghiên cứu Úc, Future Direction International (FDI), dữ liệu từ năm 2016 cho thấy trong vài thập kỷ qua, phát triển đô thị quanh Jakarta đã giảm diện tích cây xanh từ 35% xuống chỉ còn 9,3%. Điều này bao gồm việc chuyển đổi phổi xanh, khu vực hứng nước và vùng đất ngập nước ở ngoại vi thành phố thành khu công nghiệp và phát triển đô thị.

Một số chính phủ ở Đông Nam Á đã xem xét vấn đề một cách nghiêm túc. Ví dụ, ý định của chính phủ Malaysia là biến các dòng sông của thủ đô liên bang thành một điểm trọng tâm vào năm 2020 đang được thực hiện với các công việc làm sạch theo dự án River of Life (ROL) đang được tiến hành. Dự án làm sạch sông trong suốt quãng đường dài 110 km hiện đã hoàn thành 86% và sẽ sớm đủ an toàn cho mục đích giải trí.

Công việc làm sạch bao gồm nhiều giai đoạn, như lắp đặt bẫy rác và nâng cấp các ao hứng lũ, nhà máy xử lý nước thải cũng như hệ thống thoát nước.

Theo Yasmin Rasyid, nhà sinh vật học và Chủ tịch của Ecoknights, cần tăng cường thực thi và tăng hình phạt cho bất kỳ hành vi vi phạm các khu vực sông, hồ.

Để giải quyết vấn đề này và thúc đẩy cách tiếp cận hiệu quả cho phát triển đô thị bền vững trong khu vực, các nhà hoạch định chính sách phối hợp với khu vực tư nhân và cộng đồng tài trợ quốc tế phải áp dụng cách tiếp cận tổng hợp để bảo vệ các vùng nước đô thị, bao gồm bằng cách phát triển các khung pháp lý liên quan và các cơ chế thực thi. Cũng cần phải bắt đầu các nghiên cứu toàn diện về định giá các lợi ích liên quan đến nước.

Các chiến dịch nâng cao nhận thức cộng đồng là bước sau cùng nhưng không kém phần quan trọng cần phải được thúc đẩy thông qua các chiến dịch và giáo dục cũng như minh bạch thông qua các chương trình tiếp cận cộng đồng.