Đến nay, 100% các dự án BOT, BT đã được kiểm toán. Trong tổng số có 68 dự án hoàn thành các nhà đầu tư và các ban quản lý dự án trình quyết toán dự án hoàn thành được cơ bản 64/68 dự án (trong đó có 4 dự án trình quyết toán theo từng hạng mục). Bốn dự án mới hoàn thành xây dựng Bộ Giao thông Vận tải đã ban hành quyết định giao nhà đầu tư và qan quản lý dự án lập trình quyết toán theo quy định.

Bộ Giao thông Vận tải và các cơ quan có thẩm quyền đã chấp thuận quyết toán cơ bản được 62/64 dự án (trong đó 2 dự án trình theo hạng mục dự án). Hầu hết các dự án đều có giá trị quyết toán thấp hơn giá trị tổng mức đầu tư ban đầu dẫn đến thời gian thu phí hoàn vốn chính thức đã được giảm xuống.

Hầu hết các dự án BOT đều giảm thời gian thu phí.

Ngoài ra, việc quyết toán các dự án BOT ký hợp đồng trước thời điểm có hiệu lực của Thông tư số 166/2011/TT-BTC ngày 17/11/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 108/2009/NĐ-CP ngày 27/11/2009 của Chính phủ về đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT, BTO, BT, có vướng mắc liên quan đến quyết toán dự án hoàn thành, như sau: Lãi vay trong thời gian xây dựng chưa tính trong tổng mức đầu tư của dự án BOT; Mức chi phí bảo toàn vốn trên phần vốn chủ sở hữu (một số dự án áp dụng mức chi phí bảo toàn vốn 4,8%/năm trong giai đoạn xây dựng và giai đoạn vận hành).

Theo quy định tại Điều 4, Bộ Luật Dân sự số 33/2005/QH11 , các nhà đầu tư không đồng ý giảm trừ các chi phí này nên đến nay chưa thể đàm phán điều chỉnh Hợp đồng dự án. Trường hợp Nhà nước đơn phương thực hiện thì có thể sẽ dẫn đến các tranh chấp pháp lý, sẽ tác động tiêu cực đến việc thu hút các nhà đầu tư tham gia thực hiện dự án theo hình thức PPP trong thời gian tới.

Đến nay, Chính phủ chỉ đạo các Bộ làm việc với Kiểm toán Nhà nước để tháo gỡ vướng mắc nêu trên.

Theo TS. Nguyễn Trí Hiếu, chuyên gia về tài chính ngân hàng, các dự án BOT tồn tại nhiều rủi ro việc chọn nhà đầu tư, hoàn thiện công trình, tài chính… Trong đó, rủi ro trong việc chọn lựa nhà đầu tư là một rủi ro lớn trong việc triển khai dự án BOT.

"Quy trình lựa chọn nhà đầu tư có năng lực là vấn đề cần làm, không để tình trạng “tay không bắt giặc” ở các dự án BOT" - TS. Nguyễn Trí Hiếu phân tích.