Phú Quốc được xác định là một vùng có vị trí đắc địa về địa lý - tự nhiên, các thuộc tính về cấu trúc, hình thể sơn văn, cảnh quan và sinh thái... Đây là nơi đang diễn ra sôi động các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội, đặc biệt là hoạt động du lịch, nghỉ dưỡng, dịch vụ, nghề cá, nuôi trồng thủy hải sản... Nhưng cùng với sự phát triển đó, nhiều hệ lụy đã và đang phát sinh, gây bất lợi cho phát triển kinh tế-xã hội bền vững tại đây.

Theo đó, Phú Quốc được đánh giá là trung tâm giữa các thành phố lớn của ASEAN vì chỉ cách những thành phố này 2h bay, nơi đây hứa hẹn sẽ là một thị trường du lịch với hàng tỉ dân trong khu vực. Hòn đảo có tới 150km bờ biển với nhiều bãi biển cát trắng tuyệt đẹp, nước biển rất ấm, có thể tắm được vào ban đêm, ít bị thiên tai cùng 2/3 diện tích là rừng nguyên sinh mang đến sự thoải mái và sức khỏe cho con người.

Phú Quốc được mệnh danh là "thiên đường nghỉ dưỡng".

Bên cạnh tài nguyên biển, tài nguyên nước... những yếu tố về "thiên thời, địa lợi" của Phú Quốc được đánh giá là tiềm năng to lớn có thể khai thác kinh tế hiệu quả, cũng như thu hút nguồn vốn đầu tư không giới hạn trong và ngoài nước.

Để phát triển Phú Quốc hơn nữa, Kiên Giang đã đề xuất Thủ tướng Chính phủ cho phép được sử dụng ngân sách địa phương lập mới quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế-xã hội theo hướng trở thành khu kinh tế Phú Quốc. Theo quy hoạch, đến năm 2020, Phú Quốc sẽ phát triển khoảng 2.400ha đất đô thị, quy mô dân số 300.000 người. Trong đó, 3 đô thị lớn gồm Dương Đông, An Thới và Cửa Cạn cùng với 5 khu nghỉ dưỡng sinh thái, định hướng phát triển thành một trung tâm du lịch nghỉ dưỡng cao cấp mang tầm cỡ quốc tế, khả năng đón khoảng 3 triệu lượt khách vào năm 2020 với Bãi Trường là trung tâm du lịch, dịch vụ và nghỉ dưỡng.

Hiện tại, Phú Quốc mới chỉ đang bắt đầu trong quá trình phát triển, đổi mới, xây dựng hạ tầng, chính sách, song diện mạo bắt đầu "thay da đổi thịt" hằng ngày và hàng loạt nhà đầu tư lớn đổ vào đây, làm cho thị trường bất động sản phát triển rất mạnh. Chính vì điều này nên có rất nhiều nhà đầu tư ví Phú Quốc như “thỏi nam châm” thể hiện sức mạnh của sự thu hút đầu tư vào vùng biển đảo được mệnh danh là “thiên đường du lịch”.

Năm 2000 trở về trước, Phú Quốc còn hoang vu ít người biết tới, thì đến tháng 7/2011 đã có 74 dự án được cấp giấy chứng nhận đầu tư, với tổng vốn đầu tư lên tới 48.087 tỉ đồng. Theo đó, tính đến cuối năm 2017, Phú Quốc có trên 220 dự án đầu tư, phát triển du lịch, chiếm 80% dự án đầu tư du lịch toàn tỉnh Kiên Giang, giá trị trên 220.000 tỉ đồng. Dự báo năm 2020 sẽ có thêm nhiều nhà đầu tư lớn khác vào cuộc.

Do sự phát triển quá “nóng” đang diễn ra tại Phú Quốc, theo nhận định của một số chuyên gia về môi trường: “Sự tăng trưởng nhanh sẽ kèm theo nhiều hệ lụy, ảnh hưởng tới phát triển bền vững của Đảo Ngọc. Bằng chứng là rác tràn ngập khắp nơi trên đất liền và ven biển, các con sông bị ô nhiễm nặng và ngày càng gia tăng khi các dự án đầu tư đi vào hoạt động. Các loại nhựa, túi nilon chất thành 'núi', một số nơi phải đốt vì không còn chỗ chứa”.

Phú Quốc có trên 220 dự án đầu tư, phát triển du lịch, chiếm 80% dự án đầu tư du lịch toàn tỉnh Kiên Giang.

Dương Đông là con sông lớn nhất Phú Quốc đang bị “giết chết” bởi rác và nước thải... Lượng dầu của các phương tiện thủy thải ra trong nước biển tập trung nhiều nhất ở khu vực cửa sông, cảng An Thới, bến Hàm Ninh, cửa sông Dương Đông, Gành Dầu. Tại các cơ sở sửa chữa tàu thuyền, hoạt động sản xuất nông nghiệp, cơ khí, điện, hoạt động tàu thuyền, trạm xăng dầu trên đảo đều xả nước thải và dầu ra các kênh sông tại Dương Đông, An Thới, Hàm Ninh, bãi Thơm, Cửa Cạn, Gành Dầu... gây ra nguy cơ ô nhiễm môi trường nước biển trên phạm vi ngày càng rộng lớn.

Đặc biệt, nguy cơ thiếu nước ngọt đã và đang hiện hữu do nguồn nước mặt đang bị ô nhiễm, nhất là sông Dương Đông. Áp lực trong việc phát triển cơ sở hạ tầng, kéo theo tăng trưởng dân số và khách du lịch đã tác động mạnh mẽ đến tài nguyên nước. Nhiều nơi do nhu cầu về nước sinh hoạt, người dân tự do khoan giếng làm gia tăng nguy cơ ô nhiễm nguồn nước ngầm. Nhiều gia đình thuê thợ khoan giếng nhưng bất thành, thậm chí có gia đình khoan giếng sâu tới 65m nhưng vẫn không có nước ngọt. Nguy cơ thiếu nước trên đảo Phú Quốc hoàn toàn có thể xảy ra.

Các nghiên cứu mới đây về nước dưới đất tại đảo Phú Quốc đã được Liên đoàn Địa chất thủy văn - Địa chất công trình miền Nam nghiên cứu từ năm 2002 đã xác định được 2 tầng chứa nước là tầng chứa nước lỗ hổng trong các trầm tích Đệ tứ có bề dày từ vài mét đến 50m, mức độ chứa nước từ nghèo đến trung bình; khoanh định được 5 vùng giàu nước trung bình có chất lượng tốt (tổng khoáng hóa <1g>

Tầng chứa nước khe nứt trong các trầm tích lục nguyên Creta. Tầng có mức độ chứa nước từ trung bình đến nghèo, thay đổi từ 0,16 - 4,76l/s; nước có tổng khoáng hóa nhỏ hơn 0,1g/l, độ cứng thấp, ít có dấu hiệu nhiễm bẩn. Mực nước thay đổi rõ rệt theo mùa, biên độ dao động từ 3-8m. Năm 2018, các nghiên cứu đã khẳng định nồng độ trong nước của các yếu tố thủy hóa (DO, COD, BOD, pH, Eh...), kim loại nặng và vật chất hữu cơ còn nằm trong giới hạn an toàn cho phép theo Quy chuẩn môi trường nước Việt Nam.

Tuy vậy, tại đây đã xuất hiện các dị thường âm của pH và F với nồng độ rất thấp, hoặc dị thường dương nồng độ các kim loại nặng (Zn, Mn, Cd, Pb,...) với nồng độ cao đột biến, mặc dù chưa vượt ngưỡng. Những dị thường dương và âm đã khẳng định nguy cơ ô nhiễm môi trường nước trên đảo Phú Quốc.

Ngoài ra, các khảo sát thực tế cũng cho thấy, nguy cơ ô nhiễm nước mặt và nước ngầm là hoàn toàn có thể xảy ra. Đặc biệt tại các khu vực đông dân cư như khu vực Dương Đông. Nguy cơ ô nhiễm bởi các anion và các kim loại nặng đang gia tăng ở khu vực mũi Cơ Va La, mũi Chùa - mũi Ông Thượng, bến Hàm Ninh, khu vực Dương Đông và Cửa Cạn; nguy cơ ô nhiễm Cd ở khu vực Bãi Dài; nguy cơ ô nhiễm Mn ở khu vực Bãi Dài, Dương Tơ, Hàm Ninh; nguy cơ ô nhiễm chì ở khu vực Hòn Thơm - An Thới, bãi Vũng Bàu - Bãi Dài, mũi Gành Lớn - mũi Gành Gió, Hàm Ninh, Cây Sao, mũi Cơ Va La, Rạch Vẹm, mũi bãi Khem - bãi Vòng...

Phú Quốc phát triển đồng nghĩa với áp lực tăng dân số cơ học, kéo theo các nhu cầu thiết yếu như lương thực, thực phẩm, nước sinh hoạt, nhà ở,... gây áp lực lên các thành phần của môi trường trên đảo. Từ một vùng đất hoang vu, nay đảo đã trở thành một khu kinh tế sôi động. Từ năm 2005, nhiều cánh rừng Phú Quốc đã bị triệt hạ, phục vụ cho kế hoạch xây dựng cơ sở hạ tầng, hệ thống giao thông phục vụ phát triển kinh tế, đặc biệt là kinh tế du lịch. Rừng, núi bị người dân và các nhà đầu tư xâm lấn để xây dựng khu nghỉ dưỡng, dịch vụ du lịch...